O Refúgio de Vida Silvestre Banhado dos Pachecos é repleto de componentes naturais. A Unidade faz parte do Sistema Banhado Grande, complexo de áreas alagadas que abriga as principais nascentes do rio Gravataí. Além da preservação de inúmeras espécies de plantas e animais, muitas delas raras e ameaçadas, a área tem a importância de atuar na proteção de nascentes formadoras do rio Gravataí. Além disto, o Refúgio destina-se à proteção dos seus ecossistemas, com exemplares da flora e fauna silvestres das formações remanescentes da Planície Lagunar, principalmente aqueles relacionados aos banhados, como também a realização de pesquisas e educação ambiental.

O Banhado dos Pachecos é uma área pantanosa com grande acúmulo de matéria vegetal em decomposição que caracteriza uma turfeira, com vegetação palustre bastante densa. Este banhado constitui um dos últimos refúgios do cervo-do-pantanal (Blastocerus dichotomus) no Rio Grande do Sul. Esta espécie emblemática e criticamente ameaçada no Estado representa um dos alvos de conservação do Refúgio de Vida Silvestre. Dentro dos limites da UC, também se destacam elementos da avifauna como espécies de interesse especial para conservação, a exemplo do veste-amarela (Xanthopsar flavus), guaracavuçu (Cnemotriccus f. fuscatus), curiango-do-banhado (Hydropsalis anomala) e macuquinho-da-várzea (Scytalopus iraiensis). Do mesmo modo, os peixes Cynopoecilus notabilis e Listrura depinnai, endêmicos desta localidade, simbolizam atributos de grandioso interesse para a Unidade.