O Banco de Sementes do Jardim Botânico teve seu início em 1986, desenvolvendo trabalhos de pesquisa relacionados ao armazenamento e germinação de sementes das espécies arbóreas e palmeiras nativas do Estado do RS.  Intimamente ligado ao Setor de Viveiro de mudas e ao Setor de Coleções, o Banco de sementes responde pela salvaguarda de lotes de sementes viáveis, mantidos em câmara fria, bem como contém uma coleção de referência científica de sementes das espécies regionais. Somam-se também pesquisas voltadas à conservação de espécies ameaçadas, em termos de protocolos para armazenamento em baixas temperaturas, germinação e desenvolvimento de plântulas, com ênfase na família Cactaceae.